HPC y open-source: la esperanza contra el coronavirus

A veces puede que los temas del blog sobre la importancia del proyecto EPI, o sobre la importancia del código abierto, parezcan monótonos. Pero esos proyectos van más allá de lo técnico. La supercomputación, o HPC, es una gran herramienta para acelerar las investigaciones y obtener resultados de forma mucho más rápida. Cosas que antes eran imposibles en años, ahora se aceleran en segundos.

En estos tiempos complicados de confinamiento contra la lucha por el coronavirus, y me gustaría hablar del papel que están teniendo estas herramientas en la lucha contra esta pandemia. Sé que son momentos difíciles donde tenemos que estar más unidos que nunca, de hecho, en estos momentos muchos problemas que antes parecían prioritarios han pasado a un segundo plano. Son estas amenazas las que nos pone los pies sobre la tierra y nos enseña el potencial que tenemos juntos, sin discordias.

HPC vs Covid-19

Varios supercomputadores de todo el mundo están trabajando, generando grandes cantidades de datos y procesando ingentes cantidades de operaciones matemáticas para buscar la solución para esta y otras enfermedades. Esa capacidad de cálculo (FLOPS) y haciendo uso de redes neuronales (véase TPUs), han hecho que se pueda descifrar rápidamente el genoma de este virus, pero también buscar nuevos tratamientos o la futura vacuna de forma acelerada.

En el Marenostrum del BSC-CNS (Barcelona Supercomputing Center – Centro Nacional de Supercomputación) también está haciendo una gran labor que todos tenemos que agradecer. Este centro de datos de Barcelona ha sido seleccionado por la Comisión Europea para que colabore en el proyecto EXSCALATE4CoV (E4C), con el objetivo de potenciar el diseño de nuevos fármacos «in silico» (vía computacional).

Un gran proyecto de Europa para la lucha contra el SARS-CoV2 (inicialmente llamado 2019-nCoV). El CNS y otros centros de datos de los más potentes del continente colaborarán entre sí para ello, recibiendo una inyección de 232.375€. El equipo estará dirigido por el profesor Alfonso Valencia.

• Más información sobre cómo combate el Marenostrum al SARS-CoV-2

Otros supercomputadores están trabajando para fines similares, como los de China, o el supercomputador Summit de IBM (en el Laboratorio Nacional de Oak Ridge de Estados Unidos), que también está a pleno rendimiento realizando simulaciones para simular 8.000 compuestos diarios e identificando 77 moléculas con potencial para dañar al dichoso coronavirus.

Sin este tipo de herramientas las investigaciones tardarían años y años… Pero cuando se trata de vidas humanas, o de salud, no hay un segundo que perder. Por eso he querido hacer este pequeño homenaje a esos otros héroes, que tal vez no estén en primera línea como lo están los sanitarios, pero que su labor es igualmente beneficiosa para buscar soluciones y evitar que mueran más personas.

Código abierto vs coronavirus

También los proyectos de código abierto (open-source) están siendo vitales en esta lucha contra el coronavirus. Por ello, reivindicar la importancia de estos proyectos y de toda la comunidad de desarrolladores que lo hacen posible. Este software está extrechamente ligado a los centros de datos de los que hablé anteriormente.

Estos supercomputadores usan sistemas operativos basados en el kernel Linux, como puede ser SUSE Linux Enterprise, Red Hat Enterprise Linux, entre otros. Pero también otros proyectos como bases de datos de código abierto, herramientas open-source, y más.

Y no me gustaría terminar este artículo sin citar a algunos makers y proyectos de código abierto que están tratando de hacer respiradores baratos con proyectos como Arduino, formas de imprimir en 3D válvulas para respiradores artificiales para los hospitales, etc. ¿El problema? El que ya han tenido otros proyectos similares cuando se ha intentado hacer dispositivos sanitarios de este tipo: necesitan certificación de los organismos reguladores para poder ser usados…

Algunos de los proyectos más interesantes que han surgido son:

• Coronavirusmakers.org: l@s makers no solo les gusta el DIY, también muestran su solidaridad y afán de ayudar en estos momentos con proyectos como éste. Os animo a entrar en la web para ver los interesantes proyectos y a colaborar. Cada uno con los medios que pueda, pero hacedlo.
• Open Source COVID19 Medical Supplies, para la creación de respiradores artificiales baratos. Hay varios grupos de diferentes redes que hacen cosas similares, son solo ellos. Otro ejemplo es el grupo EndCoronavirus. Y los españoles de ReesistenciaTeam que están haciendo una labor encomiable. Y no me gustaría olvidar a algunos sanitarios que muestran tutoriales por las redes sobre cómo hacer, con materiales baratos y cotidianos, pantallas para la cara, batas, y otro tipo de material de protección ante la escasez.
• MIT E-Vent: otro proyecto para crear ventiladores de emergencia.
• CHIME: un proyecto para ayudar a planificar y gestionar la gran cantidad de pacientes en hospitales. Un proyecto del equipo de Predictive Healthcare de Penn Medicine.
• Nextstrain: programa de código abierto para seguir la evolución en tiempo real del COVID-19.
• Iniciativa de Pfizer: como ya dije, la industria farmacéutica tiene mucho que aprender de la comunidad de software de código abierto. Es un gigante de la industria farmacéutica y, por tanto, tan amigable de colaborar como Steve Ballmer de Microsoft en su peor día. Pero ahora, con esta pandemia parecen haber rectificado, y se ha abierto a compartir con otras farmacéuticas para unir esfuerzos y combatir esta variante del coronavirus.
• JOGL (Just One Giant Lab): otra iniciativa similar a la anterior, esta vez desde Francia, para que los investigadores puedan trabajar juntos. Un enfoque mucho más productivo, eficiente y rápido de buscar soluciones.

Aquí también se echa de menos a ciertas grandes compañías de tecnología que poco están haciendo por sus clientes…

Conclusión

Ante este esfuerzo de tantas personas que están confinados en casa sacando lo mejor de sí, los que están en primera línea en los hospitales, los investigadores (en ocasiones con sueldos precarios) buscando medicamentos y vacunas, los cuerpos de seguridad, aquellos que proveen de alimentos, etc., solo puedo decir: GRACIAS. No hay dinero suficiente para pagar lo que hacéis.

Lo que me entristece profundamente es ver que mientras ellos dan lecciones de vida, algunos (afortunadamente no todos)  de los mandatarios están sacando lo peor, aprovechando estos momentos para hacer política, decir barbaridades en redes sociales, y captar votos para sus siglas (sean las que sean). Todo mientras su pueblo se muere literalmente… Espero que de esto también se saque una elección, puesto que no nos los merecemos. Y ya que ha cobrado popularidad esta cita, cierro con ella por su triste vigencia (como tantas otras cosas que se dijeron en el pasado y parece que no aprendemos núnca…):